ในกรณีที่มีรายการพิเศษ ซึ่งทำให้แฟนพันธุ์แท้ 2013 ไม่สามารถออกอากาศตามเวลาปกติได้ สถานีวิทยุโทรทัศน์กองทัพบก ช่อง 5 จะเลื่อนเวลาออกอากาศ หรืองดการออกอากาศตามความเหมาะสม สำหรับการเลื่อนเวลาออกอากาศ หรือ งดออกอากาศ เคยปรากฏดังต่อไปนี้

• วันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2556 งดออกอากาศ เนื่องจาก ททบ. 5 ถ่ายทอดสดรายการพิเศษ " มูลนิธิพระพุทธโลกนาถสุโขทัย " ตั้งแต่เวลา 22:35–00:35 นาฬิกา
• วันที่ 9 สิงหาคม พ.ศ. 2556 งดออกอากาศ เนื่องจาก ททบ. 5 ถ่ายทอดสดรายการพิเศษ " วันราตรีน้อมเกล้าฯ " ตั้งแต่เวลา 22:35–00:35 นาฬิกา
• วันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2556 เป็นเทปพิเศษเปิดตัวสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ปี 2013 โดยจะเหมือน แฟนพันธุ์แท้ สกูป ผสมกับ Fan of the fan ที่จะพูดคุยชีวิตหลังการได้เป็นสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ และท้ายรายการ จะเป็นการเล่นเกม 3 วินาที จิ๊กซอว์ และคุณสมบัติ เกี่ยวกับแฟนพันธุ์แท้ 2013